Clustal X 之使用及其親緣樹、距離矩陣之匯出方法介紹

生物序列排比在生物領域算是最基本且最核心的技術，
生物序列排比技術大約發展了40多年之久
發展出三種不同策略的序列排比方法因此而誕生，
漸進式、精確式、迭代式三種，其代表的程式在此不一一列舉。


其中，最有名、最多人使用的一套系統就是Clustal W(Dos介面)，
這套系統是由Thompson等人所開發的
光從Google Scholar對於這篇論文引用次數高達三萬多次，就可知它受歡迎的程度了。

直到1997年，Thompson發布了一套圖形化介面版本的ClustalW - ClustalX
目前最新版本：2.0.12
ClustalX 程式介面如下

接下來要設定一下排比後的輸出選項：

在工具列的地方選擇Trees --> Output Format Options

接著如左圖，
勾選Phylip format tree、Phylip distance matrix
 接著按OK回到程式主畫面






 讀取一組序列

接著，執行排比後，我們要將結果輸出
到工具列點選Trees --> Draw Tree
設定好 
Phylip Tree、
Distance Matrix儲存的路徑後
按OK

 

1. ) Phylip 親緣關係樹繪製輸出
我們要將Phylip Tree(親緣關係樹)畫出來。
將用到Phylip這套程式 -- 點我下載
Phylip是PHYLogeny Inference Package的縮寫，他是一套程式可以用來推論出關係樹

此套裝軟體是Open source 的!!

接著將下載下來的Phylip解壓縮後，會發現有很多很多的程式，
不過，大家不用緊張， 人在江湖飄，哪有不挨刀
我們目前只需用到drawtree.exe
在開始之前，請記得將產生出的.ph檔案放到同一個目錄底下！

開啟drawtree後，你可能會看到一串訊息：

這是因為他預設的輸入來源檔名是 intree
在這邊有兩種解決方法
第一：將*.ph檔更名為 intree
第二：直接輸入你  ph檔的檔名


接著會出現下一個錯誤訊息：

還是一句老話，大家不要緊張，人在江湖飄，哪有不挨刀XDD
在這邊，一樣是那兩種情況，我們直接輸入font1=   =

終於OK了，接下來我們會進入設定參數的畫面

有很多參數對吧，
不過實際上會用到的很少
R：調整樹的輸出角度 (預設90)
M：調整邊緣的長度

接下來，按下 Y確定後，
開始畫樹

如果，還想調整參數的話，先不要關閉

點選工具列，File --> Change Parameter
即可回到修改參數的畫面







2. ) 距離矩陣的輸出
直接將*.dst檔案用記事本開啟就可以了=   =

就先降=   =